全更新をしている途中で中止とき、そこから再開できる様にできませんか？
例えばですが 名称がDATA00～DATA99まであったとします。
全更新している最中にDATA50で中止場合、DATA50から更新を再開してほしいのです。

＞更新が終わったフォルダは「自動バックアップの対象にする」のチェックを外しておき、次の起動時に途中で止めたフォルダから全更新を再開する形にしています。
＞全ての更新が終わったらはチェックを入れなおします。

なるほど、今はこのようなオペレーションをしているのですね。

バックアップ途中での中断・再開は、今は「中断箇所の記憶をしておく」という機能がないので実装に時間がかかりそうですが、
代わりの案としてこんなのはどうでしょう。


画面の「フォルダ設定」のリスト（画面上部）を複数選択できるようにして、
「更新」で選択した部分の更新を実行させる、というのはいかがでしょうか。

中止ボタンで中断したときに、終わっていない「フォルダ設定」から下を選択して「更新」すれば、
「自動バックアップ」のチェック ON/OFF よりカンタンかな、と。

思いつきで言ったので意外と実装に時間がかかるかも知れませんが、
中断箇所の記憶機能よりはすでにある機能を使うので時間がかからないかと思っています。