こんにちは。
例えば、Ａというプロジェクトがあり、そのプロジェクトにいくつかバックアップリストがある時、

プロジェクトＡ
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バックアップリスト１
バックアップリスト２
バックアップリスト３
バックアップリスト４
バックアップリスト５

上述のような状態で、全更新ではなくバックアップリスト２とバックアップリスト３だけをバックアップしたい、と思った時があったとします。

先に、バックアップ２を更新して、次にバックアップ３をという時に、バックアップ３を選択してツールバーの更新ボタンに行こうとします。
その時にバックアップ２の行（ライン）をマウスオーバーというか単純にマウスのカーソルの動き(軌跡)がかすめるのですが、選択したはずのバックアップ３ではなくマウスのカーソルが通過しただけの更新を終えたバックアップ２が選択されてしまいます。

これは、Ver0.356からの挙動です。
試しに手持ちのアーカイブからVer0.355に差し替えるとこのような挙動にはなりませんでした。

Ver0.355を使っていても差し支えないのですが、今後この挙動が残ったままVerUPとかになってしまうと、と思い、一応ご報告させていただきました。
但し、再現性はちょっと定かではありません。
少なくとも私が所有しているPC２台（Win7）では上述のような挙動になりました。

以上です。
失礼致します。

ご連絡ありがとうございます。

個別の更新のときの挙動がおかしいとのことですね。

少し試してみた感じでは再現しなかったのですが、ご説明からすると
他の方から報告のあったように「更新後に選択状態を戻す」処理が悪さをしている気がします。
（少し間があるというので、タイミングによってはおかしくなるのかも）

個別の更新のときは実行中のフォルダ設定を反転表示するのをやめ、
この「選択状態を戻す」処理を消してみようと思います。

修正までお待ちください。