こんにちは。
例えば、Ａというプロジェクトがあり、そのプロジェクトにいくつかバックアップリストがある時、

プロジェクトＡ
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バックアップリスト１
バックアップリスト２
バックアップリスト３
バックアップリスト４
バックアップリスト５

上述のような状態で、全更新ではなくバックアップリスト２とバックアップリスト３だけをバックアップしたい、と思った時があったとします。

先に、バックアップ２を更新して、次にバックアップ３をという時に、バックアップ３を選択してツールバーの更新ボタンに行こうとします。
その時にバックアップ２の行（ライン）をマウスオーバーというか単純にマウスのカーソルの動き(軌跡)がかすめるのですが、選択したはずのバックアップ３ではなくマウスのカーソルが通過しただけの更新を終えたバックアップ２が選択されてしまいます。

これは、Ver0.356からの挙動です。
試しに手持ちのアーカイブからVer0.355に差し替えるとこのような挙動にはなりませんでした。

Ver0.355を使っていても差し支えないのですが、今後この挙動が残ったままVerUPとかになってしまうと、と思い、一応ご報告させていただきました。
但し、再現性はちょっと定かではありません。
少なくとも私が所有しているPC２台（Win7）では上述のような挙動になりました。

以上です。
失礼致します。

個別の更新時には選択状態を変更しないように修正したバージョンを用意しましたので、
以下のアドレスからダウンロードして、現象が再現するか試していただけないでしょうか。
（私の環境ではうまく再現することができなかったので）

http://debugx.net/Archive/DMTU0357_x64.zip

上記バージョンで、mue さんの環境でまだ不具合が再現するようであれば
さらに調査しますので、お時間のあるときに試していただけると助かります。