DMTUのバージョンが0.32になったので、差し替えて使用してみました。
環境は、OS:Windows7 64bit Professionalです。

で、更新履歴に、ターゲット設定のシステムファイル関係がデフォルトでONとのことで、対象ファイルとして
「hiberfil.sys;pagefile.sys;Thumbs.db」
となっていましたが、私はFirefoxのProfileをいくつか作っていて、それら複数のProfileの、ブックマーク・履歴・パスワード・セッション等などを複数Profileで共有したいので、今までですと対象ファイルに
TargetFile=signons.sqlite;sessionstore.js;secmod.db;places.sqlite;key3.db;cert8.db
としていましたが、0.32のシステムファイルがONのままだとこれらも無視されてしまいました。
他にも、ChromeやOpera等のProfileを別ドライヴにバックアップしたりしていたりもしますし、わりと設定関係のファイルを別ドライブにという使い方をしたりしているのですが、今回のFirefoxの上述のようなファイルもシステムファイルに含まれてくるとなると（DMTU0.32のシステムファイルの認識ですと）、今までバックアップやミラーリングできていたものが、無視、ということになるケースも増えるのかな？　と思ったもしたので、とりあえず、FirefoxのProfileでターゲット設定してあったファイル
TargetFile=signons.sqlite;sessionstore.js;secmod.db;places.sqlite;key3.db;cert8.db
これらがなにゆえシステムファイルとして無視されたのか、ご教示いただけますと助かります。
よろしくお願いいたします。

mue さん、ご連絡ありがとうございます。
申し訳ございません、こちらで確認したところその挙動は不具合でした。
さっそく修正したものをリリースしましたので、お手数ですが再度差し替えて試していただけないでしょうか。

「無視するシステムファイル」はおっしゃるとおり
hiberfil.sys;pagefile.sys;Thumbs.db
で、これは [ツール] - [オプション] で追加や変更ができます。

よろしくお願いします。

ばぐ★ＮＡＧＡさま

Reply,ありがとうございます。
新しいのに再度差し替えたところ（32bitと64bit両方のを差し替えました）、今度はうまくシステムファイルONでも、本来無視すべきシステムファイルと、無視対象になってはいけないファイルの区分けがうまくいっていると思いました。
一応、バックアップ・ミラーリングしたいくつかのフォルダをチェックサムファイルを作成して確認してみたところOkでした。
お忙しい中フィクスしていただきありがとうございました。
また何かありましたらよろしくお願いいたします。
失礼いたします。