とても便利に利用させて頂いております。
質問なのですが、以下のようなバックアップの場合です。

1. \\PC=AAA\Documents
2. \\PC=BBB\Documents
3. \\PC=CCC\Documents
全て「自動バックアップの対象」にチェックして「全更新」をした場合。

全部の PC が起動していれば、問題ありませんが、仮に "1. PC=AAA" が起動していないと、
「マスター側の指定が正しくありません。」=>「処理が中断されました。」となり、
バックアップが終わってしまいますが、この "1. PC=AAA" のバックアップ設定をスキップして、
"2. PC=BBB" 以降のバックアップを開始するような事は出来るでしょうか？

一般設定の「一致しない場合はこのフォルダ設定をスキップ」をチェックしても、
ここで全てのバックアップが中断されてしまいます。

使用しているバージョンは、0.323（Win7 SP1 32-bit / XP Pro SP3）です。

ご利用ありがとうございます。

ご指摘の「一致しない場合はこのフォルダ設定をスキップ」は「ボリュームラベル」が一致しない場合の設定のため、ご期待されている動作にはなっていません。
おっしゃるようにバックアップ設定の「プロジェクト」自体が開始できない場合は、エラーとなってしまうため、現在のところ回避する手段がありません。

現在の機能としては、実行前に対象外のPCの「自動バックアップの対象」のチェックを外していただくか、個別に「更新」を実行していただくしかありません。
ご要望が多ければ、「全体のオプション設定」として「全更新」の場合はプロジェクトでエラーが発生した場合も無視して次のプロジェクトを処理するような機能を設けても良いとは思います。
次のバージョンアップの機能として検討させていただきます。