とても便利に利用させて頂いております。
質問なのですが、以下のようなバックアップの場合です。

1. \\PC=AAA\Documents
2. \\PC=BBB\Documents
3. \\PC=CCC\Documents
全て「自動バックアップの対象」にチェックして「全更新」をした場合。

全部の PC が起動していれば、問題ありませんが、仮に "1. PC=AAA" が起動していないと、
「マスター側の指定が正しくありません。」=>「処理が中断されました。」となり、
バックアップが終わってしまいますが、この "1. PC=AAA" のバックアップ設定をスキップして、
"2. PC=BBB" 以降のバックアップを開始するような事は出来るでしょうか？

一般設定の「一致しない場合はこのフォルダ設定をスキップ」をチェックしても、
ここで全てのバックアップが中断されてしまいます。

使用しているバージョンは、0.323（Win7 SP1 32-bit / XP Pro SP3）です。

Ver.0.360 にて、
フォルダ設定→一般→「フォルダが見つからない場合はこのフォルダ設定をスキップ」
という設定項目を追加しました。

かなり間が空いてしまいましたが、お試しください。