旧のDMTを愛用していて、Unicodeの処理でエラーが出るケースが増えて困っているところにDMT3.02に巡り会いました。機能拡張もされていて大変助かります。
　本題ですが、設定をINIファイルに保存したく、当該箇所のチェックを外したのですが、起動し直すとチェックが復活して、設定はレジストリの内容が反映されています。複数のPCで同じ設定を使うケースだとINIファイルの方が便利なのでバグであれば修正いただけると助かります。
　１．DMT3.02をインストール
　２．起動し、INI保存に変更
　３．旧DMTの設定をコピー＆ペースト
　４．ミラーリングテスト->OK　->ソフトウェア終了
　５．再度DMTを立ち上げると、ミラーリング設定がない。
　　　INIファイルはできていて、中身もあっている
　６．INI保存に設定して、終了、再度起動
　　　→レジストリに保存された内容を反映、INI保存設定は元に戻っている
ご検討のほどお願いいたします。

最新の0.323で同じ現象に遭遇しました。
どうやら旧DMTのレジストリにSaveRegistory=1が残っているとこの現象が発生するようです。
ご対応よろしくお願い致します。