上記ソフトには大変お世話になっております。
ぜひ同ソフトを並行処理可能していただけたらと思います。
プロジェクト(同期元、同期先)登録をレジトリからINIファイルに
変更し、exe,iniを別フォルダにしてもINIファイルが同期してしまい
上手くゆきません。
ぜひともフォルダ・パーテション別にパラレルでの処理を
実現したいと考えております。
以上よろしくお願いします。

返事がかなり遅くなってしまい申し訳ございません。

たしかに現在は二重起動が可能になっておりませんが、
別フォルダ・別の INI ファイルで多重起動をさせるのは技術的には可能です。
動作制御が複雑となってしまうため、正常動作の保証はできませんが、
今後そのような動作も可能にできるよう検討してみます。

ご意見ありがとうございます。

ぜひともお願いします。
首を長くしてお待ちしております。

Ver.0.33 でコマンドラインオプションを指定することで
二重起動可能にしております。試してみてください。