随分前にお世話になりました、【なかま】と言います。

　いつも利用させて重宝させて頂いております。感謝、感謝ですm(__)m

　さて、以前から気になっていたのですが、ときどき「バックアップ側のファイルのタイムスタンプが不正です。」というエラーメッセージが出るようになりました。

　エラーの出るファイルはAndroid Studioで作られたファイルで、問題なくコンパイルもできております。

　ですが、当方の当該ファイルがおかしいのかもしれません。

　しかしながら、大変失礼な言い方で恐縮ですが、ひょっとしてとんでもなく長いフォルダ名、ファイル名でエラーがでるようなことはありませんでしょうか？

　とりあえず、以下にエラーログを書きます。とんでもなく長いファイル名です。

　原因調査に必要なことがありましたら、またお知らせください。

　お忙しいところ申し訳ありませんが、よろしくお願いしますm(__)m
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設定名称　　　：OneDriveToBackup
更新時間　　　：2018/09/02 23:24:36
マスタ側　　　：E:\SynchDrive
バックアップ側：F:\OneDrive\WIN10BACKUP

以下のエラーを無視しました。
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E:\SynchDrive\C_Drive_nakam\.AndroidStudio3.1\system\index\stubs\org.jetbrains.kotlin.idea.stubindex.kotlinoverridableinternalmembersshortnameindex\org.jetbrains.kotlin.idea.stubindex.KotlinOverridableInternalMembersShortNameIndex.storage.keystream.len

バックアップ側のファイルのタイムスタンプが不正です。
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スキップ "C_Drive_nakam\.AndroidStudio3.1\system\index\stubs\org.jetbrains.kotlin.idea.stubindex.kotlinoverridableinternalmembersshortnameindex\org.jetbrains.kotlin.idea.stubindex.KotlinOverridableInternalMembersShortNameIndex.storage.keystream.len"
以下のエラーを無視しました。
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E:\SynchDrive\C_Drive_nakam\AndroidStudioProjects\DiaryDOz3\DiaryA\build\tmp\expandedArchives\classes.jar_4e920976babe5acc281c4018afc6d6b7\android\support\v4\media\session\MediaControllerCompat$MediaControllerImplApi21$ExtraBinderRequestResultReceiver.class

バックアップ側のファイルのタイムスタンプが不正です。
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スキップ "C_Drive_nakam\AndroidStudioProjects\DiaryDOz3\DiaryA\build\tmp\expandedArchives\classes.jar_4e920976babe5acc281c4018afc6d6b7\android\support\v4\media\session\MediaControllerCompat$MediaControllerImplApi21$ExtraBinderRequestResultReceiver.class"
以下のエラーを無視しました。
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E:\SynchDrive\C_Drive_nakam\AndroidStudioProjects\DiaryDOz3\DiaryA\build\tmp\expandedArchives\classes.jar_e2a078d1f252c26e241463140df56b1d\android\support\v4\view\accessibility\AccessibilityManagerCompat$TouchExplorationStateChangeListenerWrapper.class

バックアップ側のファイルのタイムスタンプが不正です。
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スキップ "C_Drive_nakam\AndroidStudioProjects\DiaryDOz3\DiaryA\build\tmp\expandedArchives\classes.jar_e2a078d1f252c26e241463140df56b1d\android\support\v4\view\accessibility\AccessibilityManagerCompat$TouchExplorationStateChangeListenerWrapper.class"

ご報告ありがとうございます。

ファイル名の長さでエラーとなる現象は、DMTU が制限しているのではなく、OS やドライブの制限となっている可能性があります。
（バグの可能性もありますが。。。）

エラーとなるファイルは、具体的には何文字のファイル名のものでしょうか？
また、ドライブやフォルダ名も含めたフルパスが何文字になるか、
マスターとバックアップのドライブの種類（ハードディスクやリムーバブルディスク等）を教えていただけると
何かわかるかも知れません。