とりあえず２つあります。

１．
フォルダ指定で「上位階層のフォルダも～」にチェックが入っていても機能していないような気がします。

２．
あと、これはDMTUの仕様の変更ということなのか、不具合なのか分かりませんが、一応今まで出来ていたことが出来なくなった事例です。
ペースターというソフトとの相性なのですが、今までですとペースターの挙動（画面のタイトルバーを右クリック、もしくはキーボードのショートカットで呼び出す）、これがDMTUの画面の時には機能しなくなってしまっています。
つまり、DMTUのタイトルバーの右クリックや画面上で他のソフトウェアの機能を呼び出すキーボードのショートカット等が使えなくなってしまいました。

他のソフトウェアの画面およびデスクトップ上ではショートカットで呼び出す方法も、タイトルバを右クリックして呼び出す方法も機能しています（一部例外のソフトウェアもありますが…）。

ご連絡ありがとうございます。

1. については、確認しますので、
具体的な例をいただけると助かります。

2. ペースターというソフトは使ったことがないのですが、
DMTU のタイトルバーで右クリックすると、ペースターのメニューが表示されるはず、
ということでしょうか？
確認してみます。

ご返信有難うございます。
私のほうでもv380にする前のv361にしてみて確認の為に試してみました（v37は自己判断でVerUPしませんでしたので）。

ただ、１．を試してみても以前のv361なら上位階層～にチェックが入っているとアスタリスク付きで上位階層を追加されたはずなのですが、そうなりませんでした。
これはよく分からないのですが、v380でiniファイルを操作すると、exeファイル等をバージョンダウンしてもiniファイルはv380の仕様に沿うような形式になってしまっていたりするのでしょうか？

２．のぺースターに関しても、やはりiniはそのままでバージョンダウンしてみましたが、こちらも何故か以前可能だった挙動が不可能になってしまっていました。
ペースター等のクリップボードからの文字列が必要なのは、設定でフォルダやファイルの指定をする時、ファイラーでフォルダ名やファイル名をコピーしたのを指定してDMTUのファルダ・ファイル名に使用出来るのでなんとなく使い勝手がよかった、という感じです。

なので、エディタにフォルダ名やファイル名を一旦書き出してそれを参照しながらでも可能ですので、２．についはさほど気にしていません（他にも同じような挙動のソフトウェアはありますし）。

mue さん、私の方でご報告いただいた動作を確認しましたが、
ご報告いただいた現象は確認できませんでした。

１．の上位階層のフォルダについて

新規でフォルダ設定を作成して、「ターゲット指定」「フォルダ」の「処理対象」で追加ボタンクリック、
「上位階層フォルダの指定も追加する」にチェックありで OK ボタンを押すと、正しく動作しました。

具体的な例として、

マスターフォルダ D:\src10
上記操作で追加するフォルダ D:\src10\test1\test2\test3

の場合、test3 を追加するときに「上位階層フォルダの指定も追加する」にチェックすると、
以下の指定が追加されました。

test1
test1\test2
test1\test2\test3

２．ペースターの動作

ペースターをインストールして、DMTU のタイトルバーの位置で右クリックすると、
ペースターのメニューが正しく表示されました。

他のソフトウェアを呼び出すショートカットについては、すみません、
ペースターのどこで設定するのかわからなかったので、具体的な方法を教えていただけると助かります。

確認した環境は以下です。
Windows 10 Pro バージョン 1909

環境によるのか、操作方法によって不具合があるのかわからないので、もう少し詳細情報をいただけると助かります。

ちょうど 1 分差で投稿されていたのですね、すみません。

１．の件、処理対象の指定としてのアスタリスク(*)は下位階層（サブフォルダ）に指定するようになっていますので、
「上位階層～」のチェックでは付きません。
手元にある Ver.0.361 でも同様の動作でした。

INI ファイルについては、Ver.0.380 と Ver.0.361 ではタイムスタンプの記録方法に差はありますが、
新バージョンで変更する際にはできるだけ互換性を保つようにしていますので
影響している可能性は低いと思います。
（不具合がないとは言い切れないので、できるだけ INI ファイルも保存しておいたほうが安心ですが…）

２．のペースターの件ですが、Ver.0.380 ではメイン画面の内部構造をけっこう変えましたので
それが影響している可能性があります。
ただ、Ver.0.361 は以前の構造のままのはずなので、戻しても動作しないのは良くわからないです…。

余談ですが、DMTU は EXE のファイル名を変更しても動作します。
INI ファイルは EXE のファイル名の拡張子を INI にしたものを読み込みますので、
私は過去のバージョンを以下のように保存しています。

DiskMirroringTool.0361.exe
DiskMirroringTool.0361.ini
DiskMirroringTool.0373.exe
DiskMirroringTool.0373.ini

何かわかったことがあれば追加でいただければ調査します。