このソフトには、非常にお世話になっています。
質問ですが、コピー元にシンボリックリンクが作成されていると、コピー先で
エラーになりますが、ターゲット指定でシンボリックリンクを除外する設定
というのは、ありますでしょうか？

現在のところ、シンボリックリンクを除外する設定はありません。
ターゲット指定機能で、指定したフォルダ名やファイル名を無視する設定で回避してください。