このソフトには、非常にお世話になっています。
質問ですが、コピー元にシンボリックリンクが作成されていると、コピー先で
エラーになりますが、ターゲット指定でシンボリックリンクを除外する設定
というのは、ありますでしょうか？

現状の設定では回避できないとのことですね。
要望について、了解しました。
すぐに実装できないかも知れませんが、検討します。