とりあえず２つあります。

１．
フォルダ指定で「上位階層のフォルダも～」にチェックが入っていても機能していないような気がします。

２．
あと、これはDMTUの仕様の変更ということなのか、不具合なのか分かりませんが、一応今まで出来ていたことが出来なくなった事例です。
ペースターというソフトとの相性なのですが、今までですとペースターの挙動（画面のタイトルバーを右クリック、もしくはキーボードのショートカットで呼び出す）、これがDMTUの画面の時には機能しなくなってしまっています。
つまり、DMTUのタイトルバーの右クリックや画面上で他のソフトウェアの機能を呼び出すキーボードのショートカット等が使えなくなってしまいました。

他のソフトウェアの画面およびデスクトップ上ではショートカットで呼び出す方法も、タイトルバを右クリックして呼び出す方法も機能しています（一部例外のソフトウェアもありますが…）。

ご連絡ありがとうございます。

1. については、確認しますので、
具体的な例をいただけると助かります。

2. ペースターというソフトは使ったことがないのですが、
DMTU のタイトルバーで右クリックすると、ペースターのメニューが表示されるはず、
ということでしょうか？
確認してみます。