とりあえず２つあります。

１．
フォルダ指定で「上位階層のフォルダも～」にチェックが入っていても機能していないような気がします。

２．
あと、これはDMTUの仕様の変更ということなのか、不具合なのか分かりませんが、一応今まで出来ていたことが出来なくなった事例です。
ペースターというソフトとの相性なのですが、今までですとペースターの挙動（画面のタイトルバーを右クリック、もしくはキーボードのショートカットで呼び出す）、これがDMTUの画面の時には機能しなくなってしまっています。
つまり、DMTUのタイトルバーの右クリックや画面上で他のソフトウェアの機能を呼び出すキーボードのショートカット等が使えなくなってしまいました。

他のソフトウェアの画面およびデスクトップ上ではショートカットで呼び出す方法も、タイトルバを右クリックして呼び出す方法も機能しています（一部例外のソフトウェアもありますが…）。

ご返信有難うございます。
私のほうでもv380にする前のv361にしてみて確認の為に試してみました（v37は自己判断でVerUPしませんでしたので）。

ただ、１．を試してみても以前のv361なら上位階層～にチェックが入っているとアスタリスク付きで上位階層を追加されたはずなのですが、そうなりませんでした。
これはよく分からないのですが、v380でiniファイルを操作すると、exeファイル等をバージョンダウンしてもiniファイルはv380の仕様に沿うような形式になってしまっていたりするのでしょうか？

２．のぺースターに関しても、やはりiniはそのままでバージョンダウンしてみましたが、こちらも何故か以前可能だった挙動が不可能になってしまっていました。
ペースター等のクリップボードからの文字列が必要なのは、設定でフォルダやファイルの指定をする時、ファイラーでフォルダ名やファイル名をコピーしたのを指定してDMTUのファルダ・ファイル名に使用出来るのでなんとなく使い勝手がよかった、という感じです。

なので、エディタにフォルダ名やファイル名を一旦書き出してそれを参照しながらでも可能ですので、２．についはさほど気にしていません（他にも同じような挙動のソフトウェアはありますし）。