とりあえず２つあります。

１．
フォルダ指定で「上位階層のフォルダも～」にチェックが入っていても機能していないような気がします。

２．
あと、これはDMTUの仕様の変更ということなのか、不具合なのか分かりませんが、一応今まで出来ていたことが出来なくなった事例です。
ペースターというソフトとの相性なのですが、今までですとペースターの挙動（画面のタイトルバーを右クリック、もしくはキーボードのショートカットで呼び出す）、これがDMTUの画面の時には機能しなくなってしまっています。
つまり、DMTUのタイトルバーの右クリックや画面上で他のソフトウェアの機能を呼び出すキーボードのショートカット等が使えなくなってしまいました。

他のソフトウェアの画面およびデスクトップ上ではショートカットで呼び出す方法も、タイトルバを右クリックして呼び出す方法も機能しています（一部例外のソフトウェアもありますが…）。

mue さん、私の方でご報告いただいた動作を確認しましたが、
ご報告いただいた現象は確認できませんでした。

１．の上位階層のフォルダについて

新規でフォルダ設定を作成して、「ターゲット指定」「フォルダ」の「処理対象」で追加ボタンクリック、
「上位階層フォルダの指定も追加する」にチェックありで OK ボタンを押すと、正しく動作しました。

具体的な例として、

マスターフォルダ D:\src10
上記操作で追加するフォルダ D:\src10\test1\test2\test3

の場合、test3 を追加するときに「上位階層フォルダの指定も追加する」にチェックすると、
以下の指定が追加されました。

test1
test1\test2
test1\test2\test3

２．ペースターの動作

ペースターをインストールして、DMTU のタイトルバーの位置で右クリックすると、
ペースターのメニューが正しく表示されました。

他のソフトウェアを呼び出すショートカットについては、すみません、
ペースターのどこで設定するのかわからなかったので、具体的な方法を教えていただけると助かります。

確認した環境は以下です。
Windows 10 Pro バージョン 1909

環境によるのか、操作方法によって不具合があるのかわからないので、もう少し詳細情報をいただけると助かります。