とりあえず２つあります。

１．
フォルダ指定で「上位階層のフォルダも～」にチェックが入っていても機能していないような気がします。

２．
あと、これはDMTUの仕様の変更ということなのか、不具合なのか分かりませんが、一応今まで出来ていたことが出来なくなった事例です。
ペースターというソフトとの相性なのですが、今までですとペースターの挙動（画面のタイトルバーを右クリック、もしくはキーボードのショートカットで呼び出す）、これがDMTUの画面の時には機能しなくなってしまっています。
つまり、DMTUのタイトルバーの右クリックや画面上で他のソフトウェアの機能を呼び出すキーボードのショートカット等が使えなくなってしまいました。

他のソフトウェアの画面およびデスクトップ上ではショートカットで呼び出す方法も、タイトルバを右クリックして呼び出す方法も機能しています（一部例外のソフトウェアもありますが…）。

ちょうど 1 分差で投稿されていたのですね、すみません。

１．の件、処理対象の指定としてのアスタリスク(*)は下位階層（サブフォルダ）に指定するようになっていますので、
「上位階層～」のチェックでは付きません。
手元にある Ver.0.361 でも同様の動作でした。

INI ファイルについては、Ver.0.380 と Ver.0.361 ではタイムスタンプの記録方法に差はありますが、
新バージョンで変更する際にはできるだけ互換性を保つようにしていますので
影響している可能性は低いと思います。
（不具合がないとは言い切れないので、できるだけ INI ファイルも保存しておいたほうが安心ですが…）

２．のペースターの件ですが、Ver.0.380 ではメイン画面の内部構造をけっこう変えましたので
それが影響している可能性があります。
ただ、Ver.0.361 は以前の構造のままのはずなので、戻しても動作しないのは良くわからないです…。

余談ですが、DMTU は EXE のファイル名を変更しても動作します。
INI ファイルは EXE のファイル名の拡張子を INI にしたものを読み込みますので、
私は過去のバージョンを以下のように保存しています。

DiskMirroringTool.0361.exe
DiskMirroringTool.0361.ini
DiskMirroringTool.0373.exe
DiskMirroringTool.0373.ini

何かわかったことがあれば追加でいただければ調査します。