DMT0.373 Windows10 です。（0.381でも同様）

プロジェクトリストの編集からプロジェクトを削除すると、
前に詰まったプロジェクトと削除したプロジェクトの項目が混在してしまいます。
上書きコピーしても同様の現象が起こる場合があります。
プロジェクトの項目がおかしくなってしまうため、
プロジェクトの順番を変更したり削除することができません。

DiskMirroringTool.iniを見ると、
過去に削除したプロジェクト内の項目が多く残っていて、
例えばプロジェクト2は5項目しか表示されていないのに（Project\001\ListCount=5）
[Project\001\Define 17]などが存在しており、
項目として表示されていない[Project\***\Define **]が、
いろんな順番でばらばらにDiskMirroringTool.ini内に存在しています。
このあたり関係しているでしょうか。

改善を希望したいです。よろしくお願いします。

INI ファイルの件、わかりました。

ご報告いただいたとおり、別の PC で正常に動作するとのことですので、
INI ファイルの問題ではないかもしれません。

フォルダのセキュリティ等が関係あるかも知れません。
不具合が発生する方の PC で、DiskMirroringTool.exe や INI ファイルを別のフォルダ
（ユーザ名のないフォルダや Program Files 以外のフォルダ）に
コピーして、
コピーした方で実行するとどうなるでしょうか。