マスター側の設定で、\\linux\aaaa　などと、ネットワーク先を指定しているのですが、認証がかかっているためにエラーとなります。
認証用のユーザ名、パスワードをDMTに記録させることはできるでしょうか。

DiskMirroringTool 自体にパスワードを記録することはできませんが、
Ver.0.350よりフォルダ設定に「外部コマンド呼出」機能を追加しました。
この機能でバックアップ前にバッチファイル(*.bat)等でネットワークドライブの割当を準備しておくと
ご希望の処理ができるのではないかと思います。