旧のDMTを愛用していて、Unicodeの処理でエラーが出るケースが増えて困っているところにDMT3.02に巡り会いました。機能拡張もされていて大変助かります。
　本題ですが、設定をINIファイルに保存したく、当該箇所のチェックを外したのですが、起動し直すとチェックが復活して、設定はレジストリの内容が反映されています。複数のPCで同じ設定を使うケースだとINIファイルの方が便利なのでバグであれば修正いただけると助かります。
　１．DMT3.02をインストール
　２．起動し、INI保存に変更
　３．旧DMTの設定をコピー＆ペースト
　４．ミラーリングテスト->OK　->ソフトウェア終了
　５．再度DMTを立ち上げると、ミラーリング設定がない。
　　　INIファイルはできていて、中身もあっている
　６．INI保存に設定して、終了、再度起動
　　　→レジストリに保存された内容を反映、INI保存設定は元に戻っている
ご検討のほどお願いいたします。

ご報告ありがとうございます。

INI ファイルに、以下の項目を追加してもダメでしょうか？

[Save]
SaveRegistory=0

試してみていただけませんか。
これでダメなようなら、対象の INI ファイルをメールで私宛に送付していただければ、調べてみます。
(アドレスはツールに添付のテキストファイルに記載されています)

最新の0.323で同じ現象に遭遇しました。
どうやら旧DMTのレジストリにSaveRegistory=1が残っているとこの現象が発生するようです。
ご対応よろしくお願い致します。

うちの環境で暫定ながら動作させる処まで復旧できたので参考までに手順をメモしておきます。
なお、手順を読んで何のことかサッパリな人にはオススメいたしません。それによりデータ破損など起きても一切の責任を負いかねます。

■OS
　Windows7 x64 Professional SP1

■使用しているDiskMirroringToolのバージョン
　

■手順１．
　DiskMirroringToolのフォルダにあるDiskMirroringTool.iniを念のためコピー（待避）しておく。

■手順２．
　レジストリエディタを起動し、SaveRegistoryで検索をかけると以下の様な（恐らく使われている環境により異なる）パス配下の
　SaveRegistoryが数件見つかるので、Software\MERCURY配下であることを確認したのち、SaveRegistoryの値を全て0に上書きする。
　
　HKEY_USERS\xxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxxx\Software\MERCURY\DiskMirroringTool\Save

■手順３．
　DiskMirroringToolを起動し、バックアップ設定が内容ともに正しく表示されているか確認する。
　↓
　正しく表示され、テスト実行・確認・本番実行しても問題なければここで終了。
　
　バックアップ設定が正しく表示されない場合、以下へ進む。
　DiskMirroringTool.iniの以下の項目を参照すると恐らく0になっていると思われるので、バックアップ設定が正しく表示されるまでこの数値を1づつ上げていき、起動～終了を繰り返し、表示が正しくなるまで繰り返す。
　
　[Options]
　ListCount=2

DiskMirroringToolのバージョンを書き忘れました。
0.3.2.3(x64)です。

benJokusai さん、詳細な手順をいただきありがとうございました。
これで解決できていると良いと思います。

今更で恐縮ですが、Ver.0.350 より
オリジナル版の INI ファイル変換機能を改良しました。
コマンドラインオプションで指定すると必ず変換処理が実行されるようになりましたので
必要に応じて試してみてください。